清洁能源发展专项资金，是指通过中央一般公共预算安排，用于支持可再生能源、清洁化石能源以及化石能源清洁化利用等能源清洁开发利用的专项资金。专项资金实行专款专用，专项管理。
使用专项资金对“十三五”期间农村水电增效扩容改造给予奖励，采用据实结算方式，按照改造后电站装机容量（含生态改造新增）进行奖励，标准为东部700元/千瓦，中部1000元/千瓦、西部1300元/千瓦。
以河流为单元的给予奖励资金不得超过总投资（生态改造费用纳入改造总投资）的50%。
使用专项资金对煤层气、页岩气、致密气等非常规天然气开采利用给予奖励，按照“多赠多补”的原则分配。
此外，财政部印发的《可再生能源发展专项资金管理暂行办法》（财建〔201〕587号）、《关于<可再生能源发展专项资金管理暂行办法>的补充通知》（财建〔2019〕298号）同时废止。
